Центр для обеспечения основной деятельности имеет научные лаборатории и структурные подразделения (научно-экспериментальные участки): Аксуйское лесное опытное хозяйство им. В.П. Фатунова и дендропарк «Кара-Ой» (Иссык-Кульская область), Сары-Булакский опорный пункт им. Э.Т. Турдукулова и опытный участок Талды-Булак (Чуйская область), дендропарк в г. Бишкек и научную библиотеку.
Структура, количество подразделений:
НПЦ ИЛ ИБ НАН КР имеет в своем составе 4 лаборатории:
- лесоводства;
- лесных культур и селекции;
- лесной экологии и защиты леса;
- экономики и организации лесного хозяйства.
а также опытные хозяйства:
- Аксуйское лесное опытное хозяйство (АЛОХ) (Иссык-Кульская область) – 1562 га;
- опорный пункт «Сары-Булак» с участком Талды-Булак (Чуйская область) – 60 га;
- дендропарк «Кара-Ой» (Иссык-Кульская область) – 31,4 га;
- дендропарк в г.Бишкек. – 10 га.